喀什大学审计处成立于2011年,是学校内设审计机构，主要职能是在校党委的领导下，依据国家法律、法规及学校的规章制度，围绕学校建设疆内一流应用型现代化大学目标，服务大局，突出重点，对学校所属单位的财务收支、经济活动、内部控制和风险管理等事项实施独立、客观的监督、评价和建议。向学校党委和分管校领导负责并报告工作，接受国家审计机关和上级主管部门内部审计管理机构的业务指导和检查。审计处把握学校新发展阶段，贯彻新发展理念，构建审计新发展格局，以审计监督促部门规范管理，以评价建议促部门全面发展，以风险防控促部门高效运行，促进内部单位完善治理和学校经济工作高质量发展。

审计处下设综合审计科和财务审计科，全处现有在职人员7人（其中援疆干部1名、支教干部1名、聘用人员1名）。主要开展业务有处级领导干部经济责任审计、财务收支审计、建设及修缮工程审计、专项资金审计、内部控制评价等。